a) Địa hình và đất đai
- Địa hình
+ Đặc điểm: Đại bộ phận lãnh thổ Nhật Bản là địa hình đồi núi, chủ yếu là đồi núi thấp. Một số dãy núi cao tập trung ở vùng trung tâm của đảo Hôn-su, trong đó, núi Phú Sĩ là ngọn núi cao nhất Nhật Bản. Đồng bằng nhỏ, hẹp phân bố tập trung ở ven bờ Thái Bình Dương, trong đó lớn nhất là đồng bằng Can-tô nằm trên đảo Hôn-su.
+ Ảnh hưởng: Địa hình của Nhật Bản tạo thuận lợi cho phát triển ngành lâm nghiệp và du lịch nhưng cũng gây khó khăn trong giao thông vận tải. Do nằm trong vùng không ổn định của lớp vỏ Trái Đất nên Nhật Bản thường xuyên chịu ảnh hưởng của hoạt động động đất, núi lửa,... gây thiệt hại về người và tài sản.
- Đất đai
+ Đặc điểm: Nhật Bản có nhiều loại đất như đất pốtdôn, đất nâu, đất đỏ, đất phù sa,...; tài nguyên đất rất hạn chế với diện tích đất canh tác chi chiếm khoảng 11% diện tích lãnh thổ.
+ Ảnh hưởng: thuận lợi cho phát triển nhiều loại cây trồng khác nhau; tuy nhiên, do diện tích đất canh tác rất hạn chế nên đặt ra vấn đề phải sử dụng hiệu quả tài nguyên đất.
b) Khí hậu:
- Đặc điểm:
+ Phần lớn lãnh thổ Nhật Bản nằm trong vùng khí hậu ôn đới mang tính chất gió mùa, có lượng mưa lớn.
+ Do lãnh thổ kéo dài nên khí hậu có sự phân hóa từ bắc xuống nam: phía bắc có khí hậu ôn đới, mùa đông kéo dài, khá khắc nghiệt, tuyết rơi nhiều, mùa hè ấm áp; phía nam có khí hậu cận nhiệt đới, mùa hạ nóng, mùa đông ít lạnh, thường có mưa và bão.
+ Ngoài ra, khí hậu còn có sự phân hóa ở những khu vực địa hình núi cao.
- Ảnh hưởng: Sự phân hóa của khí hậu tạo thuận lợi cho Nhật Bản đa dạng hoá cơ cấu cây trồng, vật nuôi và phát triển du lịch nhưng cũng thường xảy ra thiên tai.
c) Sông, hồ
- Đặc điểm:
+ Sông: Mạng lưới sông ngòi của Nhật Bản khá dày đặc, nhưng do diện tích các đảo nhỏ và địa hình núi nên các sông thường nhỏ, ngắn và dốc. Hầu hết các sông chảy theo hướng tây bắc - đông nam, có lưu lượng nước lớn, dòng chảy mạnh. Nguồn cung cấp nước cho sông ngòi chủ yếu từ nước mưa và tuyết tan. Một số sông lớn như Sin-a-nô, Tôn,...
+ Nhật Bản có nhiều hồ, nhưng chủ yếu là hồ nhỏ, lớn nhất là hồ Bi-oa (Biwa).
- Ảnh hưởng:
+ Sông ngòi ở Nhật Bản tạo điều kiện để phát triển nông nghiệp, du lịch và thuỷ điện, ít có giá trị trong giao thông và nguy cơ xảy ra lũ lụt vào mùa mưa.
+ Hồ ở Nhật Bản không chỉ cung cấp nước cho đời sống và sản xuất mà còn là những địa điểm du lịch nổi tiếng.
d) Sinh vật
- Đặc điểm: Nhật Bản có diện tích rừng bao phủ lớn với tỉ lệ che phủ rừng đạt 68,4% (năm 2020). Rừng lá rộng chiếm ưu thế, một số ít là rừng lá kim, phân bố ở các đảo phía bắc.
- Ảnh hưởng:
+ Tài nguyên rừng lớn là điều kiện để Nhật Bản phát triển ngành lâm nghiệp.
+ Phong cảnh tự nhiên đa dạng và tài nguyên sinh vật phong phú đã tạo thuận lợi cho quốc gia này phát triển ngành du lịch. Một số vườn quốc gia là địa điểm du lịch nổi tiếng của Nhật Bản như vườn quốc gia Phu-gi Ha-cô Ni-giu, Nic-cô, Y-ô-si-nô Cu-ma-nô,...
e) Khoáng sản
- Đặc điểm: Nhật Bản là nước nghèo tài nguyên khoáng sản. Khoáng sản của Nhật Bản chỉ có một số loại như: than, dầu mỏ, quặng sắt, đồng, vàng,... với trữ lượng không đáng kể, phân bố tập trung chủ yếu ở hai đảo lớn là Hôn-su và Hốc-cai-đô.
- Ảnh hưởng: Để phục vụ cho sản xuất công nghiệp trong nước, Nhật Bản phải nhập khẩu hầu hết các loại khoáng sản.
g) Biển
- Đặc điểm:
+ Nhật Bản có vùng biển rộng lớn thuộc biển Nhật Bản, biển Ô-khốt và Thái Bình Dương.
+ Các vùng biển của Nhật Bản đều nằm trong khu vực hoạt động của gió mùa.
- Ảnh hưởng:
+ Nhật Bản có nhiều điều kiện để phát triển các ngành kinh tế biển do có đường bờ biển dài, nguồn tài nguyên biển phong phú: giao thông vận tải biển phát triển với nhiều cảng biển lớn như: Na-gôi-a, Ô-xa-ca, Y-ô-cô-ha-ma, Tô-ky-ô,...; vùng biển xung quanh Nhật Bản có các dòng biển nóng và lạnh gặp nhau, tạo nên những ngư trường cá lớn, tạo thuận lợi cho ngành khai thác thuỷ sản; dọc bờ biển Nhật Bản có nhiều bãi biển đẹp là điều kiện để phát triển du lịch biển.
+ Tuy nhiên, vùng biển của Nhật Bản cũng gặp nhiều thiên tai (bão, sóng thần,...), gây thiệt hại cho đời sống và phát triển kinh tế của Nhật Bản.